По заявлению заместителя министра транспорта РФ Александра Мишарина, к 2009 году планируется полная компенсация выпадающих доходов РЖД в регулируемом секторе тарифов. В 2006 году чистая прибыль РЖД по российским стандартам бухгалтерского учета составила 26,4 миллиарда рублей, балансовая прибыль - 59,2 миллиарда рублей, в том числе прибыль от грузовых перевозок составила 105,3 миллиарда рублей, убыток от пассажирских перевозок - 43,2 миллиарда рублей, поданным РЖД – Партнер.
По словам замминистра, в 2008 году государство компенсирует РЖД 60% убытков от пассажирских перевозок. При этом замминистра транспорта РФ отметил, что по-прежнему низким остается уровень покрытия убытков от пригородных перевозок. ОАО "РЖД" было учреждено правительством РФ в рамках первого этапа реформирования железнодорожной отрасли. Хозяйственная деятельность компании началась 1 октября 2003 года. Имущество компании было сформировано путем внесения в уставный капитал ОАО "РЖД" по балансовой стоимости активов 987 организаций федерального железнодорожного транспорта, принадлежащих государству. Единственным акционером РЖД (100%) является Российская Федерация.